En kommune klagede over at skatteministeren i forbindelse med behandlingen af et lovforslag havde udtalt sig om den afgiftsmæssige betydning af kommunens og et kraftvarmeværks varmeaftale på trods af at spørgsmålet på daværende tidspunkt endnu ikke var blevet behandlet af told- og skatteregionen. Det var kommunens opfattelse at ministeren med sine udtalelser uberettiget afskar regionen fra at foretage en uafhængig bedømmelse af aftalens betydning for afgiftsberegningen idet regionen som underordnet instans i forhold til ministeren var forpligtet til at følge ministerens tilkendegivelse ved sin afgørelse i den konkrete sag.
Ombudsmanden udtalte at efter almindelige forvaltningsretlige grundsætninger kan en minister udøve såkaldt organisationsmagt inden for sit ministerium og bl.a. give bindende direktiver til underordnede myndigheder såvel generelt som i konkrete sager. Dette udgangspunkt gælder medmindre andet følger af lov. Da told- og skatteregioner er undergivet ministerens instruktion i sager om kulafgift og efter omstændighederne er forpligtet til at følge ministerens tilkendegivelse, kunne det forhold at ministerens udtalelser ville kunne påvirke udfaldet af regionens afgørelse, ikke give ombudsmanden anledning til bemærkninger.
Ombudsmanden bemærkede at når regionens afgørelse forelå, kunne den indbringes for Landsskatteretten hvis afgørelse kunne indbringes for vedkommende landsret, jf. § 33 i skattestyrelsesloven (lovbekendtgørelse nr. 859 af 13. september 2000). (J.nr. 1999-2907-329).